慈禧太后与守旧派发动戊戌政变，百日维新失败。但是，京师大学堂得以保留。
京师大学堂是当时中国最高学府和最高教育行政机关，因此很多学者（如胡适、冯友兰、季羡林等）认为，北京大学是中国历代太学（国子监、国子学）的继承者，是古代最高学府在现代的延续，甚至认为北大校史应从汉朝太学算起；另一方面，北大又是中国近代正式设立的第一所大学，是中国近现代高等教育划时代的开创者，故有“上承太学正统，下立大学祖庭”之说。
1900年，义和团运动爆发，京师大学堂遭到破坏。1900年8月3日，清廷下令停办京师大学堂。八国联军打入北京后，京师大学堂遭受破坏。
1902年12月，晚清政府委任吏部尚书张百熙为管学大臣，“责成经理”京师大学堂，京师大学堂得以恢复。吴汝纶和辜鸿铭任正副总教习，严复和林纾分任大学堂译书局总办和副总办。创办于1862年洋务运动期间的京师同文馆也并入大学堂。12月17日，京师大学堂举办开学典礼。根据学制，不同程度的毕业生分别授给贡生、举人、进士头衔。
1903年，增设进士馆、译学馆及医学实业馆。
1904年，京师大学堂管学大臣改为总理学务大臣，负责统辖全国学务，并另设京师大学堂总监督，专管京师大学堂事宜。京师大学堂统辖全国教育的职能因此分离，成为单纯的高等学校。同年，进士馆开学，招收了中国历史上的最后两届科举进士，即癸卯科（1903年）进士80余名和甲辰科（1904年）进士30余名入学。并选派首批47名学生出国留学，开中国高等学校派遣留学生之先河。
1905年国子监停办时，一批未毕业的学生直接进入京师大学堂学习。
1910年，京师大学堂开办分科大学，开办经科、文科、法政科、商科、格致科（理科）、工科、农科共七科，设十三学门，分别是经科的诗经、周礼、春秋左传，文科的中国文学、中国史学，法政科的政治、法学，商科的银行保险，格致科的地质、化学，工科的土木、矿冶，农科的农学，中国近代第一所综合性大学终于初具规模。
原本的历史中，北京大学从创办，到形成规模，用了十二年的时间，但是在萌总裁手里，两个月就初具规模了。
萌总裁在教育上面花钱是不惜的，价值三百万两的华元扔进去，一座大学轰然而起。
这还只是前期的投入。
不光是北京大学，还有华国工业大学和华国军工大学。
北京和天津，计划建设的大学和大专，中专学校，达到了一百多所。
这些钱都是房地产业流出来的钱。
不光是北京，还有天津，北直隶的二十八个城镇，都在进行新城区改造，政府出资，政府挑头，银行给贷款，只要是有固定工作的人，都有能力买房。
这个年代搞房地产比后世方便的多，关键还是人工便宜。加上土地广阔，人口少，地方大，房租又便宜，造成了京城周边，一片片的小别墅，像是雨后春笋般的冒出来，大量的安置房，让普通老百姓也可以享受独立居住的生活。
盖房子容易，校舍也容易，有华国政府出资和牵头，有建设兵团动手这些都不是问题，主要还是因为华国现在的高等教育人才不缺乏，有大量的外籍工程师和技师。
当然，最初的北京大学不对全社会开放，要想进入大学，都是经过挑选的，基本都是对军内的军工企业和重工企业的有些华粹党成员开放。
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